Недостатня узгодженість стратегії розвитку Закарпатської області та програм транскордонного співробітництва ЄС заважають Закарпаттю отримати потужний інструмент для розвитку регіону. Така ситуація склалась через недостатню координацію роботи органів місцевої влади, представників міжнародних донорських програм, громадського сектору та інших гравців, причетних до теми транскордонного співробітництва, брак консолідованої статистичної інформації про проекти. А також недостатньо послідовне відстоювати інтересів регіону під час узгодження фінансових програм ПТТС та відсутність центру, який би координував дії всіх учасників процесу, надавав консультації потенційним учасникам програм та збирав інформацію про проекти, які реалізуються на території області.